机关单位指政府部门、行政单位，是国家为行使其职能而设立的各种机构，专司国家权力和国家管理职能的组织;事业单位则是国家基于公共目的成立的公共事业组织，是指由政府利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。

机关单位是负责对国家各项行政事务进行组织、管理和指挥；而事业单位是为了社会的公益目的从事教育、文化、卫生、科技等活动。

机关单位使用行政编制、由国家行政经费负担；事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。